牙膏中的藥品，常因放置時間久而發生其他化學變化，失去原有的藥效，有效藥物又常因帶有異味而不宜于放入牙膏中，此外還有口腔內環境對藥物的耐藥性的問題，這些因素都表明藥物牙膏不宜長期使用一種，建議可以經常更換牙膏的種類。長期使用同一種藥物牙膏，容易形成口腔微生態環境的改變。