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微生物檢驗常用需監控的設備和儀器：1、培養箱（生化培養箱或CO2培養箱等）、干燥箱、高壓滅菌鍋、凈化工作臺、pH計、 冰箱，（低溫冰箱或冷柜）溫度計、紫外燈、顯微鏡、離心機、天平、。2、小計量容器3、微生物測定儀器、微生物檢定儀器、空氣采樣器、酶標儀專用等。
1、高壓滅菌鍋的溫度控制高壓滅菌鍋；生物指示菌法（常用）、化學變色紙片及高壓滅菌鍋溫度計等方法進行檢測。生物指示菌法是一種高壓滅菌鍋的效果顯示法。高壓滅菌鍋由專人按作業指導書操作，并做好每一次的作業記錄。高壓滅菌鍋使用時，內置物品不能太多，單位體積內的內容物（每瓶內的培養基）不能太多。同時應注意內容物不同耐受溫度。總的暴露時間最好不要超過45min。高壓滅菌鍋日常工作記錄應包含以下信息：高壓滅菌的材料、開始時間、壓力/溫度、取出時間、高壓滅菌膠帶的顏色變化（日常常用無菌培養代替）高壓滅菌鍋溫度波動范圍：110，115和121±2℃。高壓滅菌鍋校準周期一般在半年。
2、干燥滅菌箱溫度控制干燥滅菌箱日常工作記錄中應包括以下信息：開始的時間、到達滅菌溫度時的時間、取出的時間（或關閉時間）。干燥滅菌箱的溫度校準；用參考溫度計進行溫度測試。干燥滅菌箱溫度要求與精確度：160±5 ℃或180 ±5 ℃。前者為滅菌2h，后者為30min。干燥滅菌箱校準時間一般為一年。
3、培養基配制用蒸餾水的控制對于蒸餾水器來說：按設備說明，定期清潔離子交換器和更換離子交換材料。檢測要求：西歐標準為微生物檢驗用蒸餾水的特定電導率＜0.5ms/m；細菌數＜50cfu/ml。我們日常用的標準為 ＜10ms/m，未見有細菌指標。檢測頻率：1次/每月。蒸餾水定點供應，并做好相應的質量控制，記錄檢測結果。
4、天平的管理天平放置要求：無振動、無氣流影響及水平臺面上。天平要有使用及運行檢查記錄。天平作為計量儀器是列入國家強制檢定的范圍，一般1次/年進行檢定。運行檢查頻率按運行計劃或按產品（天平生產廠家）給出的標準重量單位進行對照

5、pH計pH計使用前應用標準液進行校準。緩沖液使用有效期：PH4.00 約1年PH7.00 約6個月pH9.00 約6個月電極敏感性檢測及極性恢復。
6、凈化工作臺的控制水平流凈化工作臺工作區域，要求潔凈度為100級。空氣沉降30min，細菌數＜1個/皿。垂直流凈化工作臺，細菌數＜0.49個/皿.凈化工作臺運行檢查頻次：1次/月主要是細菌沉降檢測。凈化工作臺高效過濾膜一般為一年更換一次，并同時進行粒子與細菌沉降檢測。
7、紫外線燈的控制檢測方法：儀器測試法和生物測試法。前者是通過專用儀器檢測紫外燈管發射的紫外光強度。國家消毒技術規范中表明在距離照射無1米處，要求其強度為90。生物測試法：采用一定的菌培養物，經一定比例稀釋，菌量控制在200-250個/0.5ml，涂布平板在紫外燈光下照射，2min，同時設置普通光源的對照組，后置37℃48h，計算其殺滅率。要求殺滅率達99%。
8、顯微鏡的控制顯微鏡應制定作業指導書，日常維護記錄及自校記錄。顯微鏡應置于無振動，避免灰塵，防潮等要求的環境。
9、其它微生物檢測專用儀器的控制細菌鑒定儀、酶標儀等設備，工作中常用陽性對照檢測其功能正常性。儀器的檢定則按有關的部門檢定或按自校作業指導書進行。儀器的使用登記、校準計劃、校準記錄等文件存檔。儀器專人使用、操作者應取得相應的崗位培訓合格，持證上崗。